O Guerra das Estrelas as prequelas reintroduziram a galáxia muito, muito distante em um momento muito diferente no tempo. Levando os fãs de volta aos anos anteriores à ascensão do Império, a trilogia prequela explorou as Guerras Clônicas e a queda da República, tudo orquestrado pelo Lorde das Trevas dos Sith, Darth Sidious. O primeiro passo no elaborado plano de Sidious para obter poder ilimitado envolveu a Federação do Comércio decretar um bloqueio ao redor do planeta Naboo. Quando os líderes da Federação aparecessem, seria ao lado do líder Separatista, Conde Dooku.
Fazendo sua estreia em Ataque dos Clones, os Separatistas eram inimigos da República nas Guerras Clônicas. As prequelas pareciam dar a impressão de que a Federação do Comércio havia se aliado aos separatistas antes mesmo do início da guerra, mas isso não era bem verdade. A série animada Guerra nas Estrelas a guerra dos Clones mais tarde tentaria ilustrar melhor a distinção entre os Separatistas e a Federação do Comércio a pedido de George Lucas, que deixou claro que a Federação do Comércio não era oficialmente parte da Confederação de Sistemas Independentes até muito mais tarde nas Guerras Clônicas.
As Guerras Clônicas Deram aos Separatistas Novos Navios para Evitar os Encouraçados da Federação do Comércio
A introdução do Conde Dookan em Ataque dos Clones levou muitos fãs a acreditar que a Federação do Comércio já havia se juntado ao Movimento Separatista antes do início das Guerras Clônicas. Dooku é visto pela primeira vez se reunindo com os líderes da Federação, bem como representantes de outras grandes empresas da galáxia. No entanto, como Guerras Clônicas o produtor executivo Dave Filoni explicou em um featurette dos bastidores, a intenção dessa cena era mostrar um negócio entre os Separatistas e várias grandes corporações. A Federação do Comércio, o Sindicato Techno, o Clã Bancário e outros se comprometem a financiar a formação do CIS e sua milícia, mas nada os impede de também apoiar a República – como muitos fizeram nos primeiros dias da guerra.
Para ilustrar melhor essa distinção, Guerras Clônicas‘ Umbara arc introduziu navios de abastecimento separatistas. Essas enormes naves em forma de barra foram adicionadas a pedido de George Lucas, para substituir os navios de guerra da Federação do Comércio que originalmente apareceriam nesses episódios. Lucas queria uma distinção clara entre os separatistas e as corporações que eram – pelo menos publicamente – neutras na guerra. Ele também teve o Guerras Clônicas equipe de produção remove marcas Separatistas de navios da Federação de Comércio em episódios em que foram apresentados. No entanto, Star Wars: Episódio III – A Vingança dos Sith confirmou que a demonstração de neutralidade da Federação não durou.
A Federação do Comércio juntou-se oficialmente aos Separatistas em Revenge of the Sith
A cena inicial de A Vingança dos Sith apresenta a Batalha de Coruscant, uma vasta batalha espacial sendo travada pela capital da República. Enquanto a sequência segue Obi-Wan Kenobi e Anakin Skywalker em seus Interceptores Jedi, as vastas naves capitais da República e dos Separatistas também são vistas. Entre eles estão vários encouraçados da Federação do Comércio, conforme observado por sua forma distinta de anel, que orgulhosamente ostenta as marcas azuis e o emblema hexagonal dos Separatistas. A essa altura da guerra, a Federação do Comércio supostamente havia se comprometido totalmente com a causa Separatista.
A Federação do Comércio, então, não era oficialmente Separatista até os últimos dias das Guerras Clônicas, embora sua associação contínua com os Separatistas possa ter feito parecer que eles eram membros do CIS muito antes. Para complicar ainda mais as coisas, o líder da Federação do Comércio, Nute Gunray – junto com os outros líderes corporativos vistos em Ataque dos Clones — senta-se no Conselho Separatista. No entanto, este órgão executivo era separado do Senado Separatista e a adesão pessoal de Gunray não significava que a Federação do Comércio como um todo era exclusivamente aliada dos Separatistas.